甲单位为一家省级事业单位(研究所)，按其所在省财政部门的要求，执行中央级事业单位部门预算管理和国有资产管理等相关规定，执行《事业单位会计制度》。2017 年 9 月 20 日，甲单位新任总会计师谢某召集由财务处、资产管理处负责人及相关人员参加的工作会议，了解到以下情况：
(1)内部控制执行情况：
①货币资金控制措施：财务专用章由专人保管，分管财务的处长个人印章由其授权的综合科
科长李某保管；对重要的货币资金支付业务实行集体决策；银行存款余额调节表由出纳员王某负责定期编制。
②实物资产控制措施：设备采购由采购部门确定需要量并提出设备购置申请书；采购的设备
到货后，由设备管理部门组织验收；设备验收合格后，由采购部门开具付款通知书，交财务部门办理付款手续。
(2)关于 2017 年预算执行及重大事项的会计处理：
③5 月，甲单位根据批准的办公楼扩建项目支出预算(超出政府采购限额标准，但不属于集中采购目录范围)，分管领导决定直接委托某建筑安装工程公司承接该扩建工程。
④对一个在公开招标过程中因对招标文件作实质性响应的供应商不足 3 家而导致废标项目的处理，会议建议为了加快预算执行进度，将招标方法变更为竞争性谈判，并责成采购部门马上实施。
(3)关于 2018 年预算编制：
⑤甲单位拟申请财政专项资金，于 2018 年购置一台大型设备，购置费预算 1000 万元。财务处建议将该项支出列入 2018 年度预算草案，并在向上级主管部门报送预算草案及项目申报文本时一并递交资产购置申请。
⑥2018 年，甲单位提取修购基金预算 550 万元。财务处建议按支出功能分类科目，列入“科学技术支出”类；按支出经济分类科目，列入“资本性支出(各单位安排的)”类。
要求：根据国家部门预算管理、政府采购、行政事业单位内部控制等相关规定：

依据事项①和②，分析甲单位在内部控制中存在的不当之处，并简要说明理由。