A市B区的某税务机关，2007年对辖区内纳税人进行税务检查时发现以下事项：

1.2007年3月正式成立的A公司（已办税务登记），2007年10月检查时，发现该公司仍未将其财务、会计制度报送税务机关备案。由于拖延的时间较长，于是，主管的税务机关决定对A公司进行罚款处理，决定对该公司罚款20000元；

2．发现B公司开具的普通发票填写项目不齐全，于是停止对B公司供应发票；

3.发现C公司欠缴税款40万元，税务机关在多次催缴无效的情况下，查封了其一处有产权的不动产，准备以其拍卖所得抵缴税款。C公司闻讯后，以该房产已经抵押给D公司作为合同担保，并且以办理了抵押物登记手续为由，对税务机关的查封行为提出异议；

4.发现E公司欠缴税款30万元，税务机关在多次催缴无效的情况下，对E公司账簿资料进行了检查，发现该公司账户上确实无钱可付，但E公司放弃了甲企业应付的一笔早已到期的30万元货款，经了解，E公司从未向甲企业追讨过欠款。

要求：

根据以上情况，回答下列问题：

（1）A公司是否违反了税务管理的规定？为什么？

（2）分析税务机关对A公司的罚款决定是否正确？为什么？

（3）分析税务机关对B公司停止供应发票的处理是否正确？为什么

（4）分析税务机关如何处理对C公司的税款征收与抵押房产之间的关系？

（5）分析税务机关可以采取何种措施追缴E公司欠缴的税款，维护国家税收权益？