飞马信息科技有限公司是一家民营科技企业，该公司的主营业务是医院信息管理系统(Hospital Information System简称HIS)，是国家卫生部评审合格并准予在国内医院推广使用的HIS软件商之一。2006年该公司以西源市人民医院为试验基地，以西源大学信息学院为技术背景，以开发行业用户为市场切入点，几年的时间里，公司从10多个人的小公司，50万元的借款逐步发展为现在7250多万元总资产，170多名员工，年产值过2000万的高新技术企业，产品已销售全国十多个省市，在同类HIS软件中名列第一，而且好评如潮。但2013年3月初，看着案头市场部李文达经理的辞职报告，飞马公司的总经理张元陷入了深深的不安与困惑。
市场部李经理2009年10月加入飞马公司，他为人直率，性格外向，尤其擅长人与人之间的感情联络，这一点对做市场的人员来说是非常重要的。李经理运用他个人的特长，带领市场部的人员雷厉风行，为公司立下了汗马功劳。但是，近一段时间来李经理的情绪很不稳定，有几次向公司提出要辞职，原因是李经理的工资自从他加入公司以来只增加了一次，现为3000元／月，外加0.2%的业务提成，差旅费实报实销。李经理私下认为，他从加入飞马到现在已经5年时间了，薪资只加一次，刚来公司时，公司正在创业时期，他不顾个人的利益得失，总希望先干出成绩来，待到公司壮大以后老板一定不会忘掉他。可是，公司到现在都没有提到加薪的事。3000元对李经理来说有些拮据，每月只能留很少一点钱自己节约着用，大部分寄回给湖南老家的父母和妻子。2013年3月李经理收到一份创新软件有限公司的聘书：
尊敬的李先生：
我公司衷心邀请您能加入创新软件公司，您的起步薪资为5000元／月，外加0．35%的业务提成，另给10%的股份，还可解决家属的户口及孩子的入学问题，详情请来面谈。创新有限公司董事长梁××
李经理知道该公司也是一家开发医院信息管理系统的同行业竞争对手，该公司在短短的两年时间里，市场份额占了同行业的20%，该公司的不断发展主要依靠了江南大学管理学院和医学院的有力支持，是一家非常有实力的企业。如果李经理改弦易辙的话，意味着飞马公司将失去许多客户。但是创新软件公司给他解决家属问题，这就等于解决他的后顾之忧，李经理的太太和孩子都在湖南山区老家，孩子要到4里以外的地方上学，想到这里，李经理终于呈交了他的辞职报告。
飞马公司的薪资问题由来已久，2013年4月公司员工为了要求几年来的第二次加薪罢工半天。飞马公司的薪资制度的完善已是势在必行。
问题：
(1)飞马公司现行薪酬制度存在哪些缺陷为什么
(2)公司是否应该留住李经理若是，该采取什么措施若不应该，为什么
(3)公司应如何改进薪酬制度